Finnveralla on vähintään yksi ja enintään kaksi tilintarkastajaa yhtiökokouksen päätöksen mukaisesti. Tilintarkastajien tulee olla Keskuskauppakamarin hyväksymiä tilintarkastajia tai tilintarkastusyhteisöjä.
Finnvera-konsernin tilintarkastusyhteisöksi valittiin vuonna 2007 järjestetyssä kilpailutuksessa KPMG Oy Ab. Tilintarkastaja raportoi vuosittain tarkastuksesta hallitukselle ja lisäksi tilintarkastajan tarkastuskertomus toimitetaan hallintoneuvostolle. Tämän lisäksi tilintarkastaja laatii kauden aikaisesta tarkastuksestaan yhtiölle erillisen yhteenvedon.
Finanssivalvonta valvoo Finnveran joukkovelkakirjojen liikkeellelaskua. Muutoin Finnveran rahoitusvalvontaa hoitaa työ- ja elinkeinoministeriön tarkastusyksikkö Finanssivalvonnan standardeja soveltaen.
Työ- ja elinkeinoministeriön Finnveralle antamien elinkeinopoliittisten tavoitteiden toteuttamista valvoo ministeriön elinkeino- ja innovaatio-osasto, jolle raportoidaan kaksi kertaa vuodessa.
Tilintarkastajien kausi loppuu valitsemisen jälkeiseen seuraavaan varsinaiseen yhtiökokoukseen. Yhtiön päävastuullisena tilintarkastajana toimii KHT Raija-Leena Hankonen.
Vuonna 2011 tilintarkastajille maksetut tilintarkastuspalkkiot konsernissa olivat 126 000 euroa, minkä lisäksi tilintarkastusyhteisölle maksettiin neuvontapalveluista tilikaudella 41 500 euroa.